11 takım küme düşecek 6 takım 2.Lig'e çıkacak

3.Lig'e yeni çehre 5 grupta 51 takımdan 10'u Yükselme Grubu'na çıkacak. Diğerleri Play-Off için yarışacak.
Gruplardaki son 2'ler amatör kümeye düşecek. Play-Off'tan 2 takım bir üst lige yükselecek.
Futbol Federasyonu Yönetim Kurulu 2008-2009 sezonundaki yeni 3.Lig statütüsünü açıkladı. FF 2. Lig'de gruplardan 3'er takım bir alt kümeye düşecek. 3. Lig'den TFF 2. Lig'e 4'ü yükselme grubu, 2'si play-off'tan olmak üzere toplam 6 takım çıkacak. TFF 3. Lig'de ki 5 gruptan toplam 11 takım amatör kümeye düşerken, Amatör Futbol Şampiyonası'nda başarılı olacak 6 takım, 2009-2010 sezonunda 3. Lig'de oynamaya hak kazanacak.Buna göre 3.Lig'deki 5 gurupta mücadele eden 10'ar takımdan ilk ikiye girenler Türkiye genelinde tek olan yükselme gurubunda mücadele etmeye hak kazanacak. Burada dört takım direkt olarak 2.Lig'e yükselmeyi başaracak. Gruplarda kalan 8'er takım (bir grup 9 takım) ilk 2'i mücadelesi verecek. Eleme Grubu'ndaki puanlar grup maçlarına taşınacak. Gruplarda ilk 2'ye giren 10 takım Play-Off maçları oynayacak.Play-Off maçları sonunda iki takım 2.Lig'e yükselme başarısını gösterecek. Bu arada her gruptan iki takım (bir gruptan üç takım) amatör kümeye düşecek. Geçen sezon 3.Lig'de her gruptan 3'er takım 2.Lig'e direkt olarak çıkmış, 4. ve 5. takımlar ise Play-Off'la gitmiş ve oradan da 2 takım bir üst lige terfi etmişti. Geçen sezon 14 takım 2.Lig'e çıkmış, 16 takım ise amatör kümeye düşmüştü.
Yaş sınırı artık 30 Futbol Federasyonu yönetimi 3. Lig kulüplerinin 1978 ve daha önceki yıllarda doğmuş olan futbolcular ile profesyonel sözleşme imzalayamaması ile ilgili daha önce verdiği kararı onayladı. Yeni kurala göre 1978 ve daha önceki yıllarda doğmuş olan ve sözleşmeleri devam eden futbolcuların lisans vizelerinin yapılmaları koşulu ile müsabakalara katılabilmelerine karar verdi.